INTRODUCTION
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研究介绍
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研究背景
Background
近年来,计算病理学因数字切片扫描、AI研究、大型数据集和高性能计算资源的融合而显著进步。深度学习技术解决了癌症分型、分级、转移检测和治疗响应预测等任务。然而,自然语言在病理学中的重要性尚未完全体现。大语言模型和多模态生成AI的发展为计算病理学开辟了新前沿,通过自然语言和人类互动提升用户体验。多模态AI如ChatGPT展示了在病理图像分析、初步诊断和教育培训中的潜力,能够在临床决策、研究和医学教育中提供支持,促进病理学的发展
研究目的
Objectives
研究人员旨在开发并评估PathChat,一个专为病理学设计的多模态生成型AI助手。PathChat由定制的多模态大语言模型(MLLM)驱动,能够处理视觉和自然语言输入,采用对话形式来进行病理学领域的各种病理案例分析。
METHODS
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研究方法
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1 | 数据收集和准备 整理了目前最大的病理学领域的指令微调数据集,包括 456,916 条指令和 999,202 个问答回合,涵盖了各种格式(例如,多轮对话、多项选择问题、简短回答) |
2 | 模型设计和训练 利用UNI模型进行视觉编码器的预训练,基于病理图像块进一步进行视觉语言预训练。然后将生成的视觉编码器连接到130亿参数的Llama 2 LLM,使用构建的数据集对形成的MLLM构架进行微调,得到AI助手PathChat。 |
3 | 性能评估和验证 基于构建的专家策划的病理学问答基准数据集(PathQABench)对比了PathChat、通用SOTA MLLM LLaVA 1.5、医学专用MLLM LLaVA-Med、商业解决方案GPT4V的性能。评估指标包括多项选择题的诊断准确率和开放式问答的准确率,同时进行了由7位病理学家进行的人工评估排名。 |
FINDINGS
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研究发现
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1. PathChat构建
图1:指令跟随数据集整理和PathChat概述。a.病理学指令数据集,研究中使用了超过100万张切片图像和118万个病理图像字幕对进行预训练,最终微调了超过45万条指令,涵盖999,202个问答轮次。b.从UNI模型开始到形成PathChat的过程。
图1
2. PathChat多项选择评估
图2:多项选择评估。a. PathChat展示了在多项选择式诊断问题中的应用。病理学家选定显著组织学图像ROI,并附加由他们提供的临床背景信息,以蓝色显示,帮助支持诊断结果的选择。b.MLLMs在多项选择式诊断问题上的准确性。在公开病例的问题(PathQABench-Public)上,与GPT4V进行了比较,PathChat表现得更好。
图2
3. PathChat响应评估
图3:PathChat的开放式响应评估和七名病理学家的读者研究。a. 通过7名病理学家评估了260个开放式问题上四个AI助手模型的响应排序。b. 比较了PathChat和其他MLLMs在开放式问题上的表现,显示了中位数获胜率和中位数获胜+平局率。c. 对一个由两名病理学家达成共识的子集(235个问题)进行了MLLMs的准确性评估。d. 分析了在共识子集上不同类别问题的准确性:显微镜检查问题(101个)、诊断问题(79个)、临床问题(61个)、辅助检测问题(76个)。
图3
4. PathChat使用案例
图4:交互式多轮对话的额外使用案例。PathChat可以推断肿瘤的原发部位(a);指导免疫组化(IHC)解释(b);遵循肿瘤分级的知名指南(c);提供疑似恶性肿瘤的潜在IHC结果建议(d);帮助医生进行需要多轮免疫组化检查的复杂差异诊断(e)。
图4
DISCUSSION
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研究讨论
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小结
Summary
研究提供了专为人类病理学设计的AI助手PathChat,并将其与其他模型性能做了比较。通过创建高质量的基准数据集PathQABench,评估了PathChat在形态学检查、诊断、肿瘤分级、建议进一步测试等方面的能力。结果显示,PathChat 在多项选择诊断题上优于其他 MLLMs,在开放式问答中能生成更准确和更优的答案,同时展示了其支持复杂诊断工作流程等额外用例的潜力。
研究局限性
Research Future
AI助手的性能和功能有待进一步优化。包括减少幻觉现象、增强诊断准确性,以及支持更复杂的病理学任务。这将通过引入强化学习等技术,增加对千兆像素WSI的支持,以及结合更新的医学知识和指南来实现。最终目标是提升AI助手在病理学实践中的应用价值和实用性。
参考文献
[1] Lu, M.Y., Chen, B., Williamson, D.F.K. et al. A Multimodal Generative AI Copilot for Human Pathology. Nature (2024). https://doi.org/10.1038/s41586-024-07618-3
代码:https://github.com/fedshyvana/pathology_mllm_training
END
文案 | 陈莎
排版 | 陈莎
审核 | 陈莎
发布|姜笑南
世界生命科学大会
RECRUIT
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